Может кто в курсе и подскажет. Из КГ в РФ есть ограничения по вывозу долларов в размере 5000$ для не граждан КГ. А есть ли ограничения по вывозу евро?

Никто этого не знает. Формально - ограничений нет. Про эквиваленты тоже ничего не сказано. Но пришли к коллективному выводу, что зависит от личного представления инспектора (попробуйте докажите, если "не положено"). А вообще, такие мутные трактовки типичны для всех киргизских регуляций.

Попробуйте все задекларировать. Но иметь не более $5000, это точно прямо запрещено. В этом случае максимум Вас развернут, но ничего не отберут.