Вопрос к тем, кто ездит Янтарем в сторону Калининграда и затем в Литву, с наличием визы Литвы: нужно ли делать и УПД?

Вы всё правильно понимаете. Если виза многократная, то упд ЖД не нужен

Да, правильно . Если однократная виза - упд обязательно. При многократный визе, бывает, что оформляют упд для экономии места в паспорте

Если виза однократная - делаете УПД и смотрите - чтобы вам в паспорт печать не поставили! Визу будете использовать при пересечении границы пешком Чернышевское-Кибартай. Если виза многократная - УПД можно не делать.