Подскажите пожалуйста у меня просрочен срок пребывания в Казахстане, но мне нужно лететь в другой город по Казахстану. Будет ли это видно на паспортном контроле в аэропорту?

Внутри страны вас же авиакомпания будет регистрировать. У них генерации с миграционной нет

Внутри РК нет паспортного контроля. Запрос паспорта при посадке на борт - для сверки с билетом тот ли пассажир летит. А вот при выезде за пределы РК ситуация будет иной.