Если виза стажера, класса д. Выдана на 6 месяцев. Ее нужно подтверждать по прибытию? Если да, то есть там какие-нибудь санкции за просрочку?

Если я не ошибаюсь, её по прибытию во Францию надо валидировать в течении 3 месяцев

Посмотрите что написано в вашей визе. Если vls-ts valider en ligne, то по приезду во Францию у вас 3 месяца на валидацию, чем позже вы приедете с момента начала действия визы, тем меньше останется действия визы.

Валидировать нужно именно после въезда во Францию.

Если в визе написано vlst, то ничего делать не нужно, к моменту окончания визы нужно покинуть Францию.