Подскажите, если при подаче на визу указать 3 дня Будапешт( въезд через него) + 3 дня Берлин слишком ли критично это будет?

Нет, по закону - в Венгрию (если равное количество ночей, то идти надо в консульство той страны, через которую въезд). Но я согласна, что это не очень идея показывать такой маршрут

в описанном случае обращаться можно только к венграм

@an: вы имеете в виду вьезд? если его учитывать то да