Насколько Эль-Нидо комфортно с детьми, хоть и школьниками? (Тут все относительно, да, но в целом). Правильно я понимаю, что здесь как такового пляжа нет, и только брать лодку и ехать по маршрутам?

в эль нидо есть неплохие пляжи.

На лодках 4 хорошие экскурсии

Мы с детьми 9 и 12 лет, проблем не возникает от слова совсем. Пляжей тут очень много, для них лодка не нужна, но нужен транспорт до них добираться (авто, например, или на местных трайсиклах).

Есть пляжики, это, например Ванила Бич.