Я взяла билет Москва - Шымкент с пересадкой в Алматы, и хочу сойти в Алматы. Скажите это сработает?

если летите одним перевозчиком и с багажом - то в случае наличия багажа он полетит до Шымкента (не знаю, можно ли попросить не регать его до конца).

а так - сработает) в Питер недавно так летал с билетом Алматы - СПб - Москва.

Главное, чтобы у вас обратного билета не было куплено сразу одним бронированием, а то он сгорит. Грубо говоря, если у вас билеты одной бронью на рейсы Москва - Алматы - Шымкент - Алматы - Москва, то сойдя в Алматы, на все остальные рейсы вы уже не сядете