Подскажите, пожалуйста, где можно купить бумажную карту Токио или Японии, в Киото или Токио?

Наверное, в книжном, там видел разные карты

На жд-вокзалах Уэно и Токио стейшэн есть туристические информационные центры, в которых все материалы бесплатные, берите карты и буклеты со скидками какие хотите.

Погуглите на Гугл-картах Tokyo Tourist Information Center. В Киото тоже есть.

В тревел (аэропорт, вокзал и тп) центре бесплатно