Я лечу с попугаями на Кипр из Самары через Москву и ОАЭ. Соответственно, у меня будет внутренний перелет и смена 3 аэропортов в России. 1)

Вы точно уверены, что можете транзитом через ОАЭ провести птиц?

Здравствуйте.

1) Справка получается в городе первого вылета там, где начинается маршрут. То есть, в 1. - в Самаре. В серте вам пропишу все аэропорты, которые будут по пути следования до конечной точки путешествия.

2) если происходит смена аэропорта прилёта - вылета, то нужно смотреть требования по промежутку от прилёта до вылета: у сертификата есть срок действия, несколько дней. Если разрыв между пересадками небольшой и сертификат не просрочен, его не нужно обновлять. Насколько знаю, при пересадке по РФ нужно будет предъявить сертификат при прохождении предполетных процедур ,( регистрации на рейс).

В Дубае думаю ещё и от того зависит, будет ли смена АК.

Если нет, то просто пересаживаетесь. Если да, проходите регистрацию.

Вероятно, в колл-центре АК вам точнее подскажут.