Подскажите, пожалуйста, есть ли какие-то подводные камни относительно парома из Балтийска на Балтийскую косу и обратно, если мы путешествуем на машине?

Не суйтесь на паром на машине. Т.к. машины грузятся по остаточному принципу и у жителей косы приоритет. Можно там застрять. И машина там, собственно, вам не нужна. Ну и без неё вы сможете в одну из сторон уплыть на катере, чтобы не привязываться к расписания парома. Машину оставите в самом Балтийске

Могут быть дикие пробки на паром туда утром, а обратно ближе к вечеру)

Мы оставляли машину в Балтийске, с парковкой проблем не увидели, все ставят вдоль тротуаров.

туда-обратно на катере, на косе пешком или велопрокат)