Подскажите пожалуйста будут ли проблемы с купюрой в 200/500 евро в Германии? Смогу ли расплачиваться допустим в магазинах и т.п?

Не любят их брать. И имеют право отказать. Можно поменять на поменьше номиналом, но это или через Reisebank ( + комиссия) либо через знакомых с немецким счётом - банки это купюры принимать у своих клиентов обязаны. Имейте в виду для больших сумм наличкой ( больше 10к) банки захотят подтверждение источника происхождения, даже у местных....

У некоторых возникают сложности с крупными купюрами, особенно в маленьких городах и в небольших магазинах.

Купюры номиналом 500 евро остерегаются почти везде, но из личного опыта, икея принимает такие купюры ну или можно положить их на карту.