Я живу в россии, оканчиваю российскую школу, но имею эстонское гражданство( и русское). У меня не будет проблем или сложностей, если я буду поступать в Австрии как гражданка эстонии, но с русским аттестатом?

Не будет проблем с ВНЖ и правом на работу, ничего не нужно и нет ограничений. Но вуз скорее всего направит на подготовительное отделение, чтобы закрыть академическую разницу, как и для других студентов из третьих стран