Подскажите, а на jr pass японии, если он действует 5 дней - это должны быть 5 дней подряд в использовании?

С сайта JP pass: «The PASS can be used only within its periods of use.» Если вы покупаете пасс на неделю (а меньший период не предусмотрен), то это неделя начиная с первого дня покупки. Т.е. с 1 сентября по 7 сентября. В этом промежутке используйте как хотите. После 7 сентября этот пасс превратится в тыкву.

Нет. Можно купить пасс за 50000円, и проехать от Киото до Нары по нему один раз)