Имеется загранпаспорт Р. Молдова и внутренний РФ. Нужно выехать из РФ в Европу , с пересадкой в Ереване .

Все ok. Только вылетая из Армении, лучше предъявлять паспорт РФ. Иначе есть риск нарваться на вопрос «по какому паспорту оказались в Ереване» или превысить лимит нахождения в Армении по паспорту РФ, если задержитесь в ЕС.

Вы имеете полное право так сделать . Это не называется: обойти систему. Это законный способ

Летал в Молдову через Ереван. Вылетал из Москвы по внутреннему паспорту. В Ереван залетел уже по молдавскому.