Подскажите, если въехать в Кыргызстан не по заграннику, а по внутреннему паспорту РФ и через неделю поехать в Казахстан через пару дней вернуться в Кыргызстан впустят назад не будет считаться как визаран, проблем не будет ?

Это не так работает. Без регистрации можно проводить в стране 90 из последних 180 дней, при этом без пересечения границы допускается проводить не более 30 дней подряд. Количество пересечений границы за этот период не ограничивается

Не будет)