Подскажите, пожалуйста, если в маршруте планируются относительно длительные перемещения ( Токио-осака-киото-токио)

Предположу, что или бронь (так как просят бронь билетов в и из Японии) или, как минимум, прописать в программе как и когда планируете добираться.

Нет. Важны только билеты для въезда/выезда в страну и оплаченные гостиницы в период пребывания.