Подскажите, я купила на klook билет Токио-Киото на синкансен. Но там не написано откуда именно отправление в самом Токио. Как понять?

Tokyo station или Shinagawa. На любом можно сесть

Тот что вы купили на день, а не на конкретный поезд. Садитесь на любой в нужном направлении, выбирая вагоны типа Noreserved. Там ещё есть вагоны Reserved (с доплатой за выбор места) и Green (типа бизнес класс) это не ваш вариант. Могут быть поезда без таких вагонов ( плашка предупреждение вылезала для поездов Нодзоми на 8-18 августа отменяются вагоны нонрезерв) не пугайтесь придет следующий, они часто бегают.

Эти с местом со станции Токио стейшен, ( купили в кассе) если без места-Токио первая станция, и в вагоны без места были большие очереди на перроне, если вас много лучше с этой станции