Жена с ребёнком поедет из Калининграда в Москву на поезде янтарь. Оба граждане РФ и Германии. С собой у обеих будут немецкие загран.

У всех должны быть действующие российские загранпаспорта

Действующие паспорта для РЖД нужны. можно уточнить у них на горячей линии конечно, но они далеко не всегда компетентно отвечают. Самолётом без проблем.

Ребенок должен был быть вписан в загранпаспорт РФ. не знал, что 5ти летним детям отдельный загранпаспорт дают ? У меня до 14 лет были вписаны в мой паспорт.