Что будет если например рейс с Москвы до Китая задержат, а пересадка всего 2 часа? на рейс Пекин Токио не попадаешь выходит?

Часа обычно хватает более чем.

Если AirChina то они вроде как ждут какое-то время

Если билет единой бронью, то посадят на следующий рейс. Но он может быть на следующий день...