А из Гонконга в Макао паспорт с собой нужен?

Конечно И даже обратно паспорт понадобится

Это разные страны, с пограничным контролем

Паспорт по правилам у вас как у иностранца должен быть с собой всегда. И уж точно при проходе границ государственных. Таких как шеньжэнь- Гонконг, Гонконг - Макао и прочих