Подскажите пожалуйста, могут ли быть проблемы, если arrival card заполнили за сутки до прибытия в Малайзию, а не за 3 дня?

Не будет)

прямо за три вам и не даст, заполнение открывается за три дня и может быть выполнено вполть до времени прилета.

Arrival card можно оформить по прибытию

Нет все нормально