Подскажите, пожалуйста, в чем будет разница между тем, чтобы открыть валютный счет в byn в альфе, и им расплачиваться либо же просто оплачивать картой альфы с рублевым счетом ?

разница в курсах, ты сразу покупаешь по нужному или по курсу платежной

В 2-3% выгода

Если Вы про карты МИР Альфабанка РФ, то разница будет 4,9% в пользу счета в byn. Альфа берет комиссию за конвертацию.