Подскажите, приехала из Сингапура в Малайзию на автобусе, через день поеду в аэропорт буду улетать из страны уже в Индонезию, в аэропорту не будет проблем из за того что нет штампа о въезде в страну ??

Не будет. Вы же официально въезжали, просто через автоматический контроль.

При въезде в страну проходил через автоматические ворота, соотв. штампа тоже не было. Вылетая пошел через офицера, он искал штамп, спрашивал у меня когда приехал… в итоге отправил в автоматические ворота )