В каких случаях отказывают в визе в Японию?

В основном поддельные документы или опыт превышения сроков пребывания

На моей памяти отказ может быть:

1. Проблема с документами (фотошоп, неверные сведения) тут надо постараться, чтобы попасть в такую ситуацию.

2. Приглашение из Японии (с визитерскими визами много заморочек). Например, сомнительный приглашающий, не хватает каких-то данных, слишком частое посещение (намёк на то, что человек останется).

(тут часто можно решить путем переговоров и подготовкой дополнительных документов)

3. Были раньше сомнительные категории виз, нарушения визового режима, проблемы с нелегальным чем-то. (основное)

4. Отказ миграционки в разрешении на долгосрочное пребывание (тот самый сертификат соответствия не дают), но тут до визы не доходит обычно.

Выправить можно попытаться почти любую ситуацию. Возможно не за этот раз, так позже.

По тур визам получить отказ надо умудриться.

Поэтому просто смотреть данные на сайте посольства, видео, как формировать пакет и все нормально подготовить.