Подскажите , если прилететь в аэропорт Базеля в Швейцарию , поставят французский штамп ?

Смотря на какую сторону, французскую или швейцарскую, вы приземлитесь, паспортный контроль и штамп будут зависеть от этого. Это би национальный аэропорт, есть соглашение между странами, так что даже если получите швейцарский штамп, на фр визу это никак не повлияет.

На паспортном контроле могут быть и французские, и швейцарские пограничники (отличаются цветом формы, у франков светло-голубая). К кому попадете, очередь одна. Но можно у регулирующей очередь попроситься к французам.