Подскажите, пожалуйста, за сколько до поездки оптимально подаваться на визу Японии ?

На сайте посольства пишут что проверка документов на визу чаще всего не более 4 рабочих дней, сам подавал документы на визу за неделю до вылета, все прошло нормально, тут уже вопрос что в вашем понимании оптимально.

Не ранее чем за три мес до поездки, визу выдают через 4 дня, если всё норм с документами! За сколько это уже как вам удобней!

Я, например, подаю за 1,5 - 2 мес для спокойствия своего

Визу дают на 90 дней. Считайте.