В июне этого года была в Армении, стоит отметка о посещении в загран паспорте. В сентябре собираюсь в Баку. Есть ли вероятность, что мне могут отказать о въезде?

Да отказ будет 99.9%

У меня Армения была прямо перед посещением Азербайджана с разницей в месяц. Погрантчник посмотрел вдумчиво и недовольно поставил штапм не рядом с армянским, а принципиально перевернул страницу в паспорте, но ни слова не сказал

Но были и те, кого отправляли всторонку и просили подождать. Уж не знаю, связано ли это именно с посещением Армении или нет

Не будет никакого отказа. если вы не посещали Карабах. Тут уже этнические армяне свободно приезжают и отдыхают

Отказать не откажут, но будут спрашивать почему, зачем, в общем не сильно приятно, но ничего страшного. Особенно если просто визаранили и транзитом были