Недавно сотрудник в аэропорту не разрешал лететь из-за того, что животные в одной переноске не родственники по паспорту. Вообще в паспорте разве бывают отметки о родстве?

Раздел "прочие отметки" и одинаковые даты рождения никто не отменял

Нет, графы брак и дети в ветпаспортах нет. Обычно если кошкам ок в переноске и никто не сидит ни на ком то должны пропускать. А кто из них кому деверь а кому заловка - это уже не их дело