Подскажите пожалуйста, могут ли отказать в внж Казахстана? По каким причинам?

Могут. И чаще всего подробно не объясняют. У моего коллеги есть знакомый, которому отказали по причине что-то вроде угрозы безопасности страны

При этом оставаться в стране можно по РВП, депортации не будет

Могут. Например недостоверность данных указанных в заявлении. Участие в запрещённых организациях и пр.