Если купил билет чартерной АК через сервис авиасеилс Хургада-Москва, гражданин РФ прибывающей в Египте более 90 дней, прилетел из Турции, Анталия АК Пегас(возможно другой). могут ли быть трудности с вылетом?

Если находишься в Египте более 30 дней, то улететь можно только регулярным.

Если просрочена виза, то отправляйтесь в Гаузет. Там платите штраф и получаете штамп на вылет.

Иначе в аэропорту развернут и самолёт улетит без вас.