По поводу покупки билетов в Хорватию и контроля документов. Можно ли покупать по российскому заграну сразу билеты туда-обратно, а при въезде просто предъявлять второй паспорт? У меня билет планируется с пересадкой в Стамбуле

Так и делается. Турки при посадке на рейс в Стамбуле, попросят предъявить обоснование въезда в ЕС. Покажите им хорватский загранпаспорт. Соответственно, при въезде в Хорватию также. При вылете из России показываете российский загранпаспорт