Подскажите, если в наличии только доллары, то лучше их на иены в Москве поменять или в Токио. И есть ли обменники в самом городе? Или только в аэропорту?

Смотрите по курсу, где лучше менять, в России или Японии. Мое мнение лучше там и прямо в аэропорту. В городе я не встречал обменники с курсом лучше, чем в Нарите. А так советовали Ninja Exchange гуглить. У меня самого сохранен в Гинзе один обменник, там вроде неплохой курс был

Вы не поменяете в Москве доллары на иены. Только продать доллары на рубли и потом рубли на иены в Москве. Это бессмысленная двойная конвертация. Лучше взять с собой доллары в Японию