Объясните пожалуйста, если у меня отдельно куплен билет Екатеринбург Пекин, и в другой авиакомпании Пекин Сеул

Должны по идее. Там не бывает билета единым маршрутом, только через Мск. Люди ездят, выпускают нормально в Пекине У меня вообще билет из Кореи со сменой аэропорта, брала в Китайском приложении, там написано что россиянам виза для такой пересадки не требуется и все ок.

Да, просто скажите на российской границе что у вас транзит в Пекине, ну и покажите билет Пекин сеул. И скажите на стойке регистрации сразу оформить багаж до сеула. Чтобы его не получать в Пекине. (Потому что если вы летите в аэропорт капитал то придется оформлять визу прямо в аэропорту на 24 часа ( делается быстро и без проблем) чтобы забрать багаж. В дасине таких проблем нет, там могут в транзитной зоне переоформить багаж)