Хочу купишь машину в Киргизии и ездить по территории РФ, как лучше это сделать , у жены есть и КР паспорт и РФ . А у меня только РФ.

Никак вы это не сделаете, насколько мне известно. На машине с КР номерами, могут ездить только граждане КР, въехавшие в РФ именно по паспорту КР, что при втором гражданстве противоречит законодательству РФ (въезжать в РФ вы должны только по паспорту РФ). То есть даже при двух гражданствах КР и РФ, ездить на такой машине не получится.