Получил испанскую визу, но въезд в шенген планирую через Италию. Значит и штамп в паспорте будет итальянский. Что сделать, чтобы при получении следующего испанского шенгена не было проблем?

В следующий раз при подаче приложить документы подтверждающие что вы в предыдущий раз действительно были в Испании (хоть и штампиков нет так как влетели через Италию) Но все эти бумажки - внутришенгенские перелёты до и из Испании и чеки о проживания в Испании можно заменить одной "декларацией о въезде" полученной в аэропорту.