Если у меня шенген закончился,но я лечу домой через другую страну шенгена с пересадкой,меня пустят? Испания

Если при посадке проверят наличие основания для въезда, то не пустят. Нахождение в Шенгене не подразумевает возможность путешествовать без визы внутри.

Если вы именно просрочили визу или время пребывания по ней (90/180), находясь в Испании, то летите только прямым рейсом из Испании сразу во вне Шенгена (Турция, Сербия, Марокко...). Поездка через другие шенгенские страны в этом случае чревата большими неприятностями.