Подскажите пожалуйста: у меня однократная шведская виза, прилетаю в швецию а выезжать планирую через Эстонию самолет Гетеборг-Таллин. никаких сложностей не будет с перелетом и пересечением границы эстония/рф? швеция

Не будет.

«Сложность» сейчас одна - пересечение границы в Нарве, люди по 7-8 часов в очереди стоят.

Посадочные сохраните, при получении следующей визы покажете, что находились основную часть времени в Швеции, а не в Эстонии. И в Нарве сейчас апокалипсис...