Вопрос: если лететь из России через Анталью, далее в Мюнхен транзитом, и в конечный пункт ( визы конечного пункта имеются).

Летали через Турцию в Германию. Турки просят показать Шенген

если вы получите в Анталии сразу билеты до конечного пункта, то в Мюнхене просто будет пересадка в транзитной зоне.

если вам придется проходить регистрацию в мюнхене, чтобы получить билеты на след. перелет, то вероятнее всего вам сначала придется пройти паспортный контроль, а без шенгена вы его не пройдете.

ну собственно вас и в Анталии просто не посадят на рейс, если по вашему маршруту невозможно без шенгена пройти.