Подскажите где найти пример договора как самозанятого для подачи на ДН Португалии. Где там прописаны удаленно и оплата за услуги?

В договоре может быть и не указано. Если не указано, то можно взять у работодателя справку о том, что услуги оказываются удалённо

Обычно просто в таком духе: «Компания нанимает контрактора для удаленной работы/сервисов. Компания не предоставляет оборудование и место работы.»