Сделала шенген Франции. В консульстве сказали, что выезд строго через Францию. Так ли это? Кто-нибудь сталкивался?

Желательно через Францию. Если по какой-то причине нет такой возможности, то нужно иметь на руках бумаги и легенду для пограничника, почему въезжаете не через Францию. Вопросы могут задать, а могут не задать - как повезёт.

И не рекомендуется открывать визу через Германию и Бенилюкс

По факту нет такого правила «первого въезда», но идеальный вариант, без лишних нервов открывать визу в той стране, которая её выдала. Если по какой-то причине Вы открываете визу в другой стране, условно французскую неоткрытую визу открываете в Испании, Вы должны подготовить документы на случай проверки, что дальше Вы летите во Францию и большую часть дней проведёте во Франции (это подтверждается бронями отелей). Как Ира уже сказала, не рекомендуется открывать визу той же Франции в Бельгии, Нидерландах, Германии и я бы теперь добавила Венецию (именно в Венеции пограничники очень строги).