Ситуация такая: пролетаю в Париж с французской визой на сутки, затем хочу на несколько дней в Будапешт и снова вернуться во Францию.

нет таких кейсов. зря переживаете - все проверки идут либо до получения визы, либо при получении повторной (как откатали предыдущую)

Границу вы пересечете во франции, а о том, что вы были в венгрии, никто не узнает, потому что погранконтроля при прилете из парижа в будапешт у вас не будет

Это все бред , смело приезжайте