Хотим с женой поехать в Алматы, регистрация перед этим была на внутренние паспорта, обратно впустят потом в Кыргызстан? Спрашивают ли на Кыргызской границе, цель визита и тд? И как потом делается перерегистрация на загран паспорт?

Что спросят на границе скорее зависит от конкретного пограничника.

Вам нужно выехать по тому с чем въехали, заехать и лучше всего сделать новую регистрацию на другие паспорта в течение 30 дней

Это самое правильное по-моему

В этом году вылетал по пустому заграннику, полученному уже здесь, а регистрация на паспорт РФ. Второй даже не попросили.. Обратно также без проблем