Я немного запуталась. Ребенок несовершеннолетний с паспортом ЕС (Греция) и его мама с паспортом РФ и визой С (Греция) смогут вместе въехать в Эстонию из Ивангорода? Только для транзита в Грецию или для граждан ЕС нет такого условия?

Вы можете ехать согласно директиве о свободном передвижении граждан ЕС и их членов семьи (жены, мужья, дети, родители несовершеннолетних детей). В вашем случае вы можете пересекать границу в сопровождении гражданина ЕС - Вашего ребенка. Много знакомых так ездят. Обязательно должно быть свидетельство о рождении ребенка с собой. И свидетельство о браке с гр ЕС тоже возьмите