Допустим я хочу лететь в Россию, но с собой брать только российский паспорт а даркон оставить дома. Я могу так сделать или нет ?

Ну вы вообще то в Израиль и из Израиля должны ездить по даркону.

Не желательно. По закону в страну, которой Вы являетесь гражданином, Вы должны въезжать по загранпаспорту именной это страны.

Если у Вас и российское и израильское гражданство, то для поездок из Израиля в Россию Вам потребуются оба паспорта.

Российский загранпаспорт будете предъявлять на российском паспортном контроле на въезде в Россию.

Даркон будете предъявлять в Израиле при возвращении.