Подскажите, есть ли какие-то варианты, как добраться из аэропорта (Нарита) в Токио поздно вечером/ночью помимо такси?

Никак. Последняя электричка в 23.30, если правильно помню. Потом есть вариант на ночных поездах с 3 (!) пересадками и прибытием в 5 утра = нет смысла. Если не готовы тратиться на такси, то проще переночевать в отеле около аэропорта. Выйдет дешевле.