Кто ездил в Калининград, подскажите, если пришло уведомление, что виза подтверждена, значит ни в консульство никуда ехать не нужно, верно?

Вам в любом случае в консульство не надо ехать.

Обычно за сутки УПД ЖД приходит на вашу электронную почту. Если не придет, то в случае одобрения вашего транзита литовской стороной ваш УПД ЖД будет находится у проводника и вам его выдадут в поезде.

Статус Подтверждено появляется в случае одобрения транзита