При заполнении декларации возникло 2 вопроса. - Указывается рейс который летит из точки пересадки? или первый из РФ? Возвращение планируется в РФ, но с пересадкой, указывается РФ?

Думаю не принципиально, но лучше наверное указать точку из пересадки

Транзитный пункт не является точкой отправления или конечной по правилам международной авиации. рейс должны указать который прибывает/вылетает в/из Мале, страну Вылета/Прилёта правильно указывать РФ.