Подскажите, кто знает, если подаю на визу в Японию на себя и дочь 12 лет, дочь обязательно с собой брать или у меня примут оба комплекта документов?

Доброе, в Питере примут оба комплекта от одного подающего.

Присутствие дочери не обязательно.

В Мск не нужно, распишитесь в анкете за ребёнка, в скобках поставив "father". Возьмите с собой оригинал свидетельства о рождении ребенка и его (свидетельства) копию. На всякий случай.