Есть ли такие организации в Японии, которые могли бы за определенную плату повозить по некоторым достопримечательностям?

На общественном транспорте будет и быстрее, и несоизмеримо дешевле. Для понимания: Кобе - Киото: электричка 1 час, 1000 йен. Такси: 1 час 10 мин, 30000 (тридцать тысяч) йен.

Зачем вам определенные люди ? По этой линии , которую вы указали , ходит Special Rapid , останавливается как раз на всех этих остановках .Химедзи , Кобе , Осака , Киото .. все на одной линии . И без языка можно во всем разобраться , скачайте только переводчик .