Подскажите, если 2 заграна и только по одному оформлено резидентство, это как-то отражается в базах? Или привязано к биометрии и ФИО, а не к номеру?

К биометрии. Более того, если вы будете по разным паспортам ходить через smartgate, то в визе в приложении ICP периодически меняется номер паспорта ))